1、适用条件不同。法律对两者适用条件都有明确规定，并不相同。支付经济补偿的条件比较简单，强调的是向劳动者倾斜，而赔偿金强调的是对损失的一种赔偿。
2、主观过错不同。经济补偿不考虑主观过错，而赔偿金是强调过错责任的。三、单向或双向不同。经济补偿是单向的，而赔偿金是双向的，既有企业向员工赔偿，也有员工向企业赔偿。
3、单向或双向不同。经济补偿是单向的，而赔偿金是双向的，既有企业向员工赔偿，也有员工向企业赔偿。
4、法律性质不同。经济补偿是对劳动者的补偿，而赔偿金是对过错方的惩罚。
一、单位开除员工怎么赔偿
单位开除员工，首先需要结清员工的工资。是否存在赔偿是根据开除员工的原因来进行判定的。企业辞退员工，根据辞退的原因不同相应的补偿也不同。
无故辞退员工，单位需要支付双倍经济补偿的赔偿金。合同到期辞退员工，单位需要支付经济性补偿。单位经济性裁员，辞退员工需要支付经济性补偿。
员工严重违反公司纪律，单位不需要支付补偿。试用期被以不符合录用条件被辞退是无经济补偿的。
《劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。第八十七条用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
二、自离跟辞职有什么区别
辞职和自离的区别有3个，分别是：
1、性质不同。辞职是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为，自离是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为；
2、待遇不同。辞职会取得劳动报酬及其它权益，自离不仅不能得到应得的劳动报酬，还有可能遭用工方追诉违约损失；
3、主体不同。辞职的主体可以是用人单位或劳动者，自离的主体只是劳动者。
一、自离的后果比较严重，具体如下：
1、自离属于违法解除劳动合同的行为；
2、如果该行为给用人单位造成了损失，员工应当承担赔偿责任。
二、离职后公司不发工资的处理方法具体如下：
1、当事人可以电话投诉到当地劳动执法监察大队；
2、也可以直接到劳动行政部门申请劳动仲裁，维护合法权益。
总之，如公司违法解除劳动合同，是需要承担赔偿金的，赔偿金的标准是经济补偿的两倍。如果是劳动者提出辞职，可要求单位支付经济补偿金。用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求。