补发工资应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，即，纳税人月初第一日至月末最后一日，取得的工资、薪金所得，减除费用三千五百元后，依法计征个人所得税。
对于补发工资如何计算缴纳个人所得税，从国家层面制定的个税相关规定上看，个税计算的基础基本上是收付实现制。
不过由于一次补发数月或数年的工资薪金所得，确实会造成发放当期工资薪金过高，一些省市出台过地方口径，允许因某些特殊情况造成的补发工资，在有充分证据的情况下，将补发工资分解到工资所属期计算扣缴个税。
工资支付项目、工资支付水平、工资支付形式、工资支付对象、工资支付时间以及特殊情况下的工资支付。第五条工资应当以法定货币支付。不得以实物及有价证券替代货币支付。第六条用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
为什么要交个人所得税：
税收是国家财政收入的主要来源 ，不交税的话，国家将无法正常运作。有国才有家，交个人所得税是用来调节个人收入差距的，目的是防止收入差距过大。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第八条第一款“工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。”